Vláda slibuje podporu výzkumu. Úřady pak na firmy „zakleknou“

Do roku 2030 má Česko za cíl dosáhnout tří procent HDP investovaných do výzkumu a vývoje. Zatím to ovšem vypadá, že jde o nereálný projekt. Stát nabízí firmám štědrý daňový odpočet až 150 procent uznaných nákladů. Proč ho tedy využívá stále méně podniků? Firmy si stěžují na nejasnost v přístupu finančních úřadů, které jejich odpočty smetou ze stolu.

Počet firem, které si v Česku odpočítávají náklady na výzkum a vývoj (R&D) od základu daně, v posledních letech klesá. Zatímco v roce 2020 podalo přiznání s tímto odpočtem 822 společností, v roce 2024 to bylo jen 725. Jedním z důvodů je i přístup finančních úřadů, které často zpochybňují daňové odpočty na výzkum a vývoj, a to i roky po jeho uplatnění. Místo toho, aby posuzovaly, zda firma skutečně výzkum prováděla, zaměřují se na formální nedostatky v dokumentaci.

Firma Prusa Research, která vyvíjí 3D tiskárny, v rámci odpočtu každoročně uplatňuje náklady na výzkum a vývoj zhruba ve výši 40 milionů korun. Samotný daňový odpočet, tedy reálná podpora od státu, pak představuje přibližně 8 milionů korun. Celkové investice firmy do vývoje jsou přitom násobně vyšší.

„Daňová kontrola zaměřená na odpočet na podporu výzkumu a vývoje je pro naši firmu časově i organizačně velmi náročná. Zároveň není vždy jasné, jaká úroveň detailu je pro finanční správu považována za dostačující,“ říká pro Seznam Zprávy spolumajitel výrobce 3D tiskáren Prusa Research Ondřej Průša.

„Větší předvídatelnost a srozumitelné metodické vedení daňového odpočtu by nejen nás, ale i další české firmy motivovaly investovat do výzkumu a vývoje mnohem víc, z čehož by profitovala zejména česká ekonomika,“ dodal. Podobné zkušenosti popisují i další firmy, které Seznam Zprávy oslovily, ale z obavy před postihy finančního úřadu nechtějí vystupovat veřejně.

Průša popisuje konkrétní dilema, s nímž se vývojové firmy potýkají. Prusa Research vyvíjí své tiskárny kontinuálně, přičemž se díky 3D tisku dělají dílčí změny prakticky každý týden a spousta dílů je společných. Z pohledu firmy proto nejde o samostatné projekty s pevným začátkem a koncem, ale o průběžný vývoj již stávajících produktů.

Finanční správa by ale podle něj preferovala desítky oddělených projektů s vlastními nákladovými středisky a výkazy práce. „Pokaždé, ať se ptám kohokoliv, tak mi řekne trochu něco jiného. A praxe prý není ustálená ani mezi jednotlivými finančními úřady,“ říká Průša.

Průšova zkušenost není ojedinělá. Jedna soukromá česká společnost vyvíjející nové léky, která si nepřála být jmenována kvůli potenciálním problémům, ale svá tvrzení může doložit, popisuje ještě horší případ. V roce 2019 prošla kontrolou bez jediné připomínky. Když přišla druhá kontrola o čtyři roky později, úředníci začali zpochybňovat téměř vše, ačkoli projekty byly sestaveny podle stejné metodiky.

Řízení s finanční správou se už dva roky točí kolem otázky, zda firma vůbec provádí výzkum a vývoj. „Dva roky teď řešíme s finančním úřadem to, jestli vůbec děláme vědu a výzkum, což je neuvěřitelné. Vždycky to přirovnávám k tomu, jako kdyby přišli do Národního divadla a zjišťovali, jestli se tam hraje divadlo. Nebo do nemocnice, jestli se tam operuje a léčí. Jim vůbec nestačí, že máme čtyřicet celosvětových patentů a publikaci v Nature. Je to jako kdyby to nebylo,“ uvedl ředitel společnosti.

Firma kvůli nejistotě ohledně výsledku řízení odložila plánované investice, jíž měl být nákup pozemku i rozšíření výzkumných kapacit.

Se stejnými problémy se potýkají i jiné firmy. Vývojová farmaceutická firma podle ředitele spolupracuje s právními poradci, kteří velmi podobné požadavky od finančního úřadu (40stránkový dopis) dostali v téměř identické podobě. „Je to cyklostylovaný přístup. Trochu upravený a aplikovaný na vás,“ uvedl ředitel, co mu řekli najatí právníci.

Hořkosladký konec má příběh firmy Del z Vysočiny, která se zabývá průmyslovou automatizací. Její projekt z roku 2014 začala zkoumat finanční správa v roce 2017. Následně musel Del kvůli formálním nedostatkům v projektu zaplatit doměřenou daň a penále. Nicméně se firma začala soudit a po letech sporů v roce 2024 vyhrála a dostala zpět celkem 22 milionů korun. Pro firmu i úřady to byly zbytečné náklady.

Šéf firmy Jiří Kabelka se nyní angažuje v Druhé ekonomické transformaci, aby se pravidla posuzování výzkumných projektů narovnala a finanční správa je mohla posuzovat podle jasných pravidel.

Zásadní systémový problém spočívá v tom, že kontroly se téměř nikdy nezabývají otázkou, zda firma skutečně prováděla výzkum a vývoj. Úředníci k tomu často nemají odbornou kvalifikaci a soudy jim daly za pravdu, že pokud je pochybení v rámci projektové dokumentace, lze odmítnout celý odpočet.

„Všude slyšíme, jak se chceme strašně posouvat a být lídři v inovacích, ve vědě a výzkumu. A pak vidíte běžnou realitu, kde úředníci firmy kontrolují způsobem, který inovace spíš odrazuje. Kdo si odpočet uplatní, vystavuje se riziku daňové kontroly. A to riziko je pro mnohé příliš vysoké,“ uvedla partnerka daňového a právního oddělení Deloitte Kateřina Novotná, která má se systémem rozsáhlé zkušenosti. Její tým pracuje pro víc než 120 klientů uplatňujících odpočet a ročně asistuje u řady daňových kontrol.

Výsledkem je, že celý odpočet padá kvůli formálním nedostatkům v projektové dokumentaci: příliš stručně formulované cíle, nevhodně vymezené časové ohraničení projektu nebo nesrovnalosti ve výkazech práce.

Novotná upozorňuje na další absurditu systému, kdy firmy vytvářejí speciální dokumentaci výhradně pro daňové účely, přestože jejich vývojová práce je zdokumentována v interních systémech, nákresech a záznamech ze schůzek. „Napíšete cíle, třeba několik odrážek, a úředník řekne: ‚Já jsem to z toho nepochopil, to je málo.‘ Pak to jde k soudu a ten rozhodne stejně, že cíle byly příliš stručné. A kvůli tomu vám shodí celý odpočet, i kdybyste měl nejsvětovější výzkum na světě,“ popisuje Novotná.

Zvláštní roli přitom hraje Finanční úřad pro Pardubický kraj se sídlem v Ústí nad Orlicí. Podle oslovených daňařů se toto pracoviště fakticky pasovalo do role celostátního specialisty na R&D kontroly a jezdí prověřovat firmy po celé republice, i mimo svou místní příslušnost.

Výdaje na výzkum a vývoj v tuzemsku podle posledních údajů statistiků dosáhly v roce 2024 celkem 146,9 miliardy korun, což odpovídá 1,82 procenta HDP. Přitom ještě v roce 2020 dosahoval tento podíl svého historického maxima 1,95 procenta. Zatímco průměr Evropské unie se v posledních letech pohybuje kolem 2,3 procenta HDP a Německo s Rakouskem překračují tři procenta. Česko se tak od ambiciózního cíle 3 procent do roku 2030 spíše vzdaluje.

Většinu peněz investují soukromé firmy. Stát je spíše popelkou. Ve státním rozpočtu vlády Andreje Babiše na letošní rok se výdaje na vědu a výzkum zvýšily kosmeticky z 51,5 miliardy korun v roce 2025 na aktuálních 52,5 miliardy korun pro letošní rok.

Finanční správa nebyla schopna poskytnout data, kolik kontrol zaměřených na R&D odpočet proběhlo a kolik skončilo doměrkem. Kontroly jsou podle správy vedeny jako celek v rámci daně z příjmu právnických osob a konkrétní zaměření na odpočet nelze zpětně vyčlenit.

„Pokud poplatník projektovou dokumentaci nevyhotoví v souladu se zákonnými požadavky, není správce daně povinen dále posuzovat samotnou podstatu vykonávané činnosti,“ reagoval na dotazy Seznam Zpráv mluvčí Finanční správy Patrik Madle.

Finanční správa zároveň odmítla, že by úředníci byli motivováni výší doměřené daně. „V rámci činnosti finanční správy neuplatňujeme žádné formy odměňování ani motivační systémy zaměstnanců, které by byly navázány na výši doměřené daně,“ dodal Madle. Systém odměňování navázaný na výši doměrků byl zrušen po kauzách z první éry ministryně Aleny Schillerové.

Tuzemské firmy přitom musí bojovat se zahraniční konkurencí, která má podmínky výhodnější. Nejagresivnější z nich, Čína, poskytuje firmám superodpočet ve výši 200 procent nákladů na výzkum a vývoj. Kromě toho celou řadu dalších průmyslových pobídek: úvěry od státních bank, zvýhodněné průmyslové pozemky, dotované energie až po nulové DPH na exportované zboží. Podle odhadů Mezinárodního měnového fondu čínské průmyslové dotace celkem přesahují čtyři procenta HDP.

Podle Novotné z Deloitte přitom dobrá praxe jinde existuje. Například kanadská finanční správa firmy aktivně oslovuje a ptá se, proč odpočet neuplatnily. V Česku je vnímání opačné: kdo si odpočet nárokuje, vystavuje se podezření z daňové optimalizace.

Ministerstvo financí avizuje několik kroků k nápravě. Jedním z nich má být užší spolupráce Finanční správy s Technologickou agenturou ČR, která by měla pomoci sjednotit přístup k posuzování věcné povahy projektů výzkumu a vývoje.

„Abychom zajistili zcela jednotnou správní praxi v rámci finančních úřadů napříč republikou i maximální odbornou kvalifikaci pracovníků, problematika výzkumu a vývoje je jednou z oblastí, ve kterých finanční správa buduje odbornou specializaci. K jednotné praxi přispívá i systémové vzdělávání takto zaměřených pracovníků,“ uvedl mluvčí Ministerstva financí Michal Žurovec.

Tento postup navrhuje rovněž iniciativa Druhá ekonomická transformace, v jejímž rámci jsou sdružení tuzemští podnikatelé se záměrem přeměnit Česko na moderní stát.

Podle Druhé ekonomické transformace klesl za posledních osm let podíl firem uplatňujících odpočty na výzkum a vývoj na polovinu, a to přestože počet firem provádějících výzkum a vývoj roste. „Je dokonce možné, že v Česku děláme výzkumu mnohem více, než firmy deklarují, jen protože máme nefunkční systém odpočtů,“ dodal mluvčí Druhé ekonomické transformace Adam Junek.

Vláda zároveň plánuje daňové odpočty na výzkum a vývoj celkově zatraktivnit a podpořit investice s vysokou přidanou hodnotou. Součástí balíčku má být i snížení zdanění příjmů z patentů alokovaných v České republice. „Chceme, aby duševní vlastnictví i s ním spojené daňové výnosy zůstávaly doma,“ uvedl Žurovec.

Mluvčí však upozorňuje, že finanční správa řeší i případy, kdy firmy do odpočtu zahrnují výdaje, které s výzkumem a vývojem nesouvisejí. „Je nutné připomenout, že je důležité najít rovnováhu mezi vstřícností a zabezpečením řádného výběru daní, bez kterých by stát přestal fungovat,“ dodal.