Hlavní obsah

V Česku je varianta delta. Klíčovou zbraň Česko stále nepoužívá

Foto: ČTK

Sekvenování vzorků koronaviru v brněnské laboratoři.

Reklama

17. 6. 11:56

Monitorování variant a mutací koronaviru patří mezi pilíře postupu proti pandemii. Česko strategii vypracovalo už dávno, v praxi se má ale naplno rozběhnout až nyní. Riziko je podle odborníků akutní.

Článek

Pokud jde o sledování variant koronaviru, Česko se poprvé spálilo letos v zimě. Zemí se před Vánoci začínala šířit nakažlivější varianta alfa, která byla už dříve popsána ve Velké Británii. Vláda o tom ale nevěděla a před svátky rozvolnila protiepidemická opatření. Výsledkem byla další vlna nákazy.

Ani po půl roce nicméně vše neběží podle představ a situace připomíná déjà vu. Za dveřmi – a částečně už i před nimi – je riziko další varianty, tentokrát varianty delta (dříve známé jako indická). Předobraz toho, jak může situaci zkomplikovat, opět dává Velká Británie, kde se kvůli ní zastavilo rozvolnění. Vše se navíc odehrává na sklonku citlivého období letního cestování, které importu variant nahrává.

„Největším úskalím monitoringu variant SARS-CoV-2 zůstává nedostatečný počet osekvenovaných vzorků z české populace, jejich nesystematický sběr a chybějící metadata – datum a místo odběru, pacientův zdravotní stav, jeho věk, pohlaví, prodělání nemoci covid-19 a vakcinace,“ vyjmenovávají ve své poslední zprávě odborníci z iniciativy COG-CZ.

Vznikla už dříve ve spolupráci s Ústavem molekulární genetiky AV ČR a zahrnuje instituce, které se rozhodly se sekvenováním pomoci. Doplnily tak Národní referenční laboratoř Státního zdravotního ústavu (SZÚ).

Masivní a koordinované sekvenování sliboval už exministr zdravotnictví Jan Blatný (za ANO) i jeho nástupce Petr Arenberger (za ANO). Změnu měla přinést v dubnu připravená Národní strategie molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2. Ta vše opírá o plošnou detekci známých mutací viru mezi pozitivními vzorky a následné celogenomové sekvenování na vybraných pracovištích, které má odhalit i doposud neznámé odchylky koronaviru. Doposud ale logistika i systematičnost odhalování variant vázly.

Pro srovnání – bývalý ministr Arenberger sliboval kapacitu sekvenování nejdříve osm tisíc vzorků a později čtyři tisíce vzorků měsíčně. Doposud však Česko podle aktuálních dat SZÚ analyzovalo přes čtyři tisíce vzorků od začátku roku, tedy za téměř šest měsíců.

Ani se neblížíme

Na riziko cirkulujících variant viru upozorňují i vědci ze skupiny MeSES. Pro rutinní monitorování cirkulujících variant je podle nich třeba sekvenovat vzorky dodávané ze sentinelových laboratoří pravidelně každý týden. Doporučený počet vzorků pro rutinní monitorování by ideálně měl být 10 % všech pozitivních záchytů.

„Vzhledem k tomu, ze pravidelný sběr vzorků ještě neběží, tak se domnívám, že se tomuto číslu neblížíme,“ uvedla pro Seznam Zprávy viroložka Ruth Tachezy. Její výzkumný tým v centru BIOCEV se ještě donedávna na sekvenování vzorků podílel. Stát se však během května rozhodl univerzitní pracoviště od slibovaného financování odstřihnout, a tak vědci museli práci ukončit.

„Jako testovací laboratoř v BIOCEV máme určité informace, že se systém dohledu nad cirkulujícími kmeny dále vyvíjí. Laboratoře by již měly dostávat upozornění, které vzorky s varovnou anamnézou posílat na sekvenace. Jsou jmenované laboratoře, které budou posílat mimo tyto vzorky určité procento pozitivních vzorků do spádové sekvenační laboratoře. Věřím, že systém se nastartuje do konce prázdnin,“ dodává viroložka.

Že se narýsovanou strategii podaří během léta naostro převést do reality, věří i molekulární genetik Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. „Ačkoliv už jsme ani nedoufali, zřejmě se to nakonec i v Česku povede,“ dodává.

Delta – co o ní víme?

Vykazuje zvýšenou infekčnost i odolnost vůči protilátkám. Poprvé ji zjistili v Indii v prosinci 2020 a koncem března letošního roku představovala v sekvenacích zhruba polovinu nálezů. V současnosti se tato varianta šíří například ve Velké Británii. Během dubna se dostala také do České republiky. Někteří odborníci upozorňují, že označení „dvojitá mutace“ pro tuto variantu je zavádějící, protože takovýchto „dvojitých mutací“ SARS-CoV-2 je mnoho. Navíc ve skutečnosti delta varianta – podobně jako jiné – obsahuje více než dvě mutace. (Zdroj: avcr.cz)

Ministr zdravotnictví Adam Vojtěch (za ANO) ujišťuje, že je sledování variant viru prioritou. „Z mutací viru mám respekt. Systém sekvenace už máme rozjetý. Respektive jsou dva, které běží, a měly by se více aktivizovat v průběhu léta. Jednak se pozitivní vzorek posílá na tzv. diskriminační PCR, které řekne, že je vzorek něčím neobvyklý. Poté se případně pošle na sekvenaci a ta už řekne, jestli jde o mutaci alfa, beta, gama, nebo delta. Cílem je, aby byly vzorky na toto vyšetření standardně posílány,“ shrnul ministr pro Seznam Zprávy.

„Jsme domluveni, že budeme hygienickým stanicím tyto vzorky předávat a od 1.7. bude nastavena standardní úhrada z veřejného zdravotního pojištění právě pro tuto diskriminační PCR. Pokud jde o sekvenaci, tam už jsme také nastavili systém financování, kde platíme zařízením 3 518 korun za provedení sekvenace, protože to nejde z veřejného zdravotního pojištění,“ dodal ministr Vojtěch. Už dříve upozornil, že kapacity zřejmě bude potřeba navýšit v době, kdy se lidé budou vracet z dovolených, na začátku školního roku.

Riziko jménem delta

Odborníci nicméně namítají, že se vše může vymknout kontrole i mnohem dříve. A to navzdory pokračujícímu očkování populace proti covidu-19. S obavami nyní sledují především situaci ve Velké Británii, kterou se rychle šíří zmiňovaná varianta delta. Země kvůli tomu odložila finální etapu rozvolnění protiepidemických pravidel.

„Česká Republika má sice nastavená pravidla na vstup do země, ale problém vidím v tom, že nikdo nekontroluje jejich dodržování. Bez kontroly je – myslím – lidé nebudou dodržovat. Mimo to jsou některá pravidla příliš mírná. Jako například ochrana 21 dní po 1. dávce vakcíny nebo rozšíření ochrany pro očkované vakcínami neschválenými EMA,“ dodává Ruth Tachezy. Podobné argumenty uvádí i Česká vakcinologická společnost.

Jak jsme na tom

Podle vedoucí Národní referenční laboratoře SZÚ Heleny Jiřincové bylo v Česku od začátku roku osekvenováno 4 200 pozitivních vzorků. Celý proces od odběru po potvrzení mutace trvá 20 až 30 dní.

„Pokud budu hovořit o variantách zájmu, takzvaných variants of concern, tak kromě britské varianty B117 (tedy alfa) evidujeme 27 případů delty, sumárně 59 případů bety, to je jihoafrická varianta, a nově sedm případů gamy, tzv. B1, tedy brazilské varianty,“ řekla Radiožurnálu Jiřincová.

Podezření, že by mohlo jít o jinou než takzvanou britskou mutaci, která v Česku od ledna převažuje, laboratoře mohou získat už při PCR testu. Poté posílají výsledky na další potvrzení do laboratoří, které dokáží vzorky sekvenovat.

„PCR metoda je oproti sekvenaci rychlá, cenově dostupná a pro hygieniky velmi efektivní. Umožňuje sledovat mutace, které jsou v popředí zájmu a okamžitě reagovat. Nicméně je možné najednou sledovat jen omezený počet. Výsledky jsou dostupné v řádu hodin až jednoho dne,“ napsala Jiřincová na webu SZÚ.

Cílem Národní referenční laboratoře je podle ní vyšetřit pět procent pozitivních vzorků. Chce je vybírat náhodně a zároveň se zaměřovat na pozitivní případy, kde nastala reinfekce, selhalo očkování, objevil se těžký průběh u lidí mladších 50 let nebo na větší ohniska. Podle Jiřincové bude Ministerstvo zdravotnictví proplácet sekvenace od 1. července. Už dříve vláda na sekvenování vymezila rozpočet 161 milionů korun.

S přispěním Jaroslava Gavendy.

Sdílejte článek

Reklama

Doporučované