Opakování „britské“ covidové vlny? Finišuje nová zbraň proti mutacím

Když se v závěru loňska Českem začala masivně šířit nakažlivější britská mutace koronaviru, vláda ani laboratoře o tom neměly tušení. Kritiku později schytaly nejen doma, ale i na mezinárodní scéně. Daň za nevědomí je vysoká. Třeba v únoru zemřelo čtrnáct tisíc lidí, o třetinu víc oproti pětiletému průměru. Vědci se shodují, že smutnou bilanci má z velké části na svědomí právě zmiňovaná mutace viru a neschopnost rychle ji detekovat a brzdit.

V pátek hygienici odhalili dva případy takzvané brazilské mutace v severočeském Varnsdorfu. I kvůli tomu se na Děčínsku neotevřely školy jako jinde v republice.

Vláda chce velkou slabinu zacelit. Pro lepší rozpoznávání mutací chystá novou zbraň. Redakce Seznam Zpráv má k dispozici návrh národní strategie, která v budoucnu zajistí dřívější odhalení mutací a přinejmenším zpomalí další smrtící vlny epidemie.

V uplynulých dnech ji připomínkovaly laboratoře a další expertní zařízení po celém Česku. Na definitivní schválení ještě čeká. „Dostali jsme dokument k oponentuře. Shodli jsme se, že je až na nějaké drobnosti dobře připravený. Šance podchytit nové mutace je vyšší,“ uvedla viroložka Ruth Tachezy z Mezioborové skupiny pro epidemické situace. Vědci z iniciativy radí i Ministerstvu zdravotnictví.

Nový osmistránkový koncept strategie, na níž se podílí Státní zdravotní ústav a další vědci, počítá se zapojením dvacítky laboratoří rozmístěných po Česku. Mají systematicky sledovat odchylky virů a ty podezřelé rozebrat do posledního písmene, pomocí celogenomové sekvenace. Podchytí tak třeba, pokud by cestovatel přivezl třeba brazilskou mutaci a ta se v nějakém regionu rychle šířila.

„Počet vzorků, které je nutné sekvenovat, je dle mezinárodních doporučení odhadován na 1-5 procent všech pozitivních vzorků,“ stojí v dokumentu. Při týdenním počtu 25 tisíc až 50 tisíc pozitivních vzorků plán počítá se sekvenací až patnácti set vzorků.

Národní strategie molekulárně-biologické surveillnace SARS-CoV-2 se opírá o dva základní pilíře: plošnou detekci již známých mutací mezi pozitivními vzorky a následné celogenomové sekvenování na vybraných pracovištích. To má odhalit i doposud neznámé odchylky koronaviru.

Desítky laboratoří v Česku tak mají v prvotní fázi za pomoci komerčních testovacích souprav odhalovat už známé mutace viru a upozorňovat na „podezřelé“ vzorky s pozměněnou strukturou koronaviru. „Do Informačního systému infekčních nemocí je třeba hlásit konkrétní zachycené mutace, nikoli vlastní interpretace či vlastní závěry nálezu, o jakou variantu by se mohlo jednat,“ stojí také v dokumentu.

Experti ze státních laboratoří se tak chtějí vyhnout mediálním bojůvkám, které provázely odhalení několika případů takzvané jihoafrické mutace v Brně. Soukromá laboratoř Elisabeth Pharamcon vědce Omara Šerého v březnu schytala kritiku od exministra Jana Blatného, že dané vzorky neposlala na podrobné celogenomové sekvenování do státních laboratoří. Případ podtrhl, jak zásadně v Česku chybí celkový koncept pro boj s mutujícím virem.

To podle některých vědců umožnilo rychlý rozmach britské mutace na startu letošního roku a strategie přišla opožděně. „V sekvenování nesmírně zaostáváme. Je za tím nemohoucnost státní správy, jež je zahlcená starostmi, které plynou z celkového zanedbání protipandemických opatření. Chybí pružné reakce,“ kritizoval už dříve ředitel Biologického centra Akademie věd ČR Libor Grubhoffer.

Mimochodem vláda ani jí podřízené úřady ani dosud pravidelně neinformují o záchytech nakažlivějších mutací. Chystaná strategie má zajistit týdenní reporty na krajské i národní úrovni.

Vědci varovali, že se v Česku může rozšířit právě nakažlivější jihoafrická mutace. To se ovšem podle viroložky Tachezy zatím neděje. Jak řekla, laboratoře evidují jen dvacet případů s ohnisky v již zmíněné brněnské mateřince a u libereckých celníků. „Jsou to spíš sporadické záchyty. Může se klidně stát, že tato jihoafrická varianta nebude schopná vytlačit tu britskou. Ale nemáme k tomu zatím potřebná data,“ doplnila Tachezy.

Pokud by třeba jihoafrická či brazilská mutace začala víc trápit Čechy, experti ze státních laboratoří to mají zjistit na základě druhého pilíře strategie. „Předpokládá se zapojení 10-20 laboratoří, na které budou kladeny zvláštní nároky pro zpracování a uchování klinických vzorků. Z každé laboratoře bude k sekvenaci zasíláno 70-100 vzorků týdně,“ píše se v dokumentu.

Detailně prověřených vzorků rychle přibude, pokud vědci v nějakém regionu zachytí nakažlivější variantu. To může být aktuálně případ Děčínska. Dokument přesně ukládá, jaké vzorky pro sekvenaci vybírat. Vědci zbystří, pokud se pozitivně testovaný nakazil déle než čtrnáct dní po očkování, nebo se u něj covid projevil už podruhé. Zaměří se také na vzorky z ohnisek infekce, od mladých pacientů s těžkým průběhem nebo případy nemoci dovezené ze zahraničí.

Podle Tachezy už nyní velká část strategie funguje. „Sekvenování není levná ani jednoduchá záležitost. Museli se propojit lidé, kteří to umějí, vyjednat cenové relace a spoustu dalších záležitostí. Zatím nefunguje organizovaný sběr vzorků bez předchozí indikace. Logisticky to ještě trochu vázne, ale v žádném případě nechci nikoho obviňovat,“ dodala.

Strategie však zatím jen zevrubně hovoří o financování projektu. Právě otázky ohledně rozpočtu podle informací Seznam Zpráv oddálily vznik strategie. Od vědců zaznívalo, že Státní zdravotní ústav nemá na boj s mutacemi dostatečný rozpočet.

Jedna celogenomová sekvenace podle ní přijde řádově na 3500 korun. Jen tento náklad tak může Státní zdravotní ústav vyjít na víc než pět milionů týdně. Exministr Blatný řekl, že na to ústav dostane speciální rozpočet. Ve srovnání s dopady, které měla třeba britská mutace, je možnost zachycení ohniska nové mutace a jejího brždění podle expertů ekonomicky výhodnější.

Státní zdravotní ústav na dotazy Seznam Zpráv nereagoval. Není tak jasné, kdy strategii oficiálně představí.