Dlouholetý investigativní novinář, vedl kupříkladu pořad Na vlastní oči nebo investigativní tým ČRo.

Zabývá se velkými investigativími projekty. Odhalil například korupci, jež provázela nákup obrněných transportérů Pandur, Berdychův gang - zločineckou organizaci, kterou vedli policisté, manipulaci veřejných zakázek, na které se podílela čínská firma Huawei.

Janek Kroupa je držitelem ceny Elsa, Novinářské křepelky a ceny vysokého komisaře OSN pro uprchlíky za válečné reportáže. Společně s polskými kolegy Bertoldem Kittelem a Jaroslawem Jabrzykem získal polskou novinářskou cenu Grand Press v kategorii investigativní žurnalistika za reportáž o pašování zbraní do proruské části Ukrajiny.

Je autorem několika knih a scénářů k detektivním seriálům.